W starożytności wraz z rozprzestrzenianiem się chrześcijaństwa rosły różnice w jego łonie. Wpływ kultur w których istniały pierwsze gminy był olbrzymi jak również stosunki polityczne. Powstawały odłamy które z czasem przekształciły się w odrębne Kościoły izolujące się od wspólnoty chrześcijańskiej. Najważniejsze powstały na terenie bliskiego wschodu i w Egipcie.
Kościół Aleksandryjski
Koptowie czyli Egipcjanie w pierwszych wiekach byli podlegli patriarsze Aleksandrii który był jedną z najważniejszych osób w świecie chrześcijańskim. W Aleksandrii znajdowała się słynna szkoła katechetyczna która kształciła wybitnych teologów m. in. Orygenesa, Klemensa Aleksandryjskiego i innych. Hierarchowie prowadzili również misje w Nubii i Etiopi.
Wspólnota ta trwała w jedności z Kościołem powszechnym do soboru chalcedońskiego kiedy to patriarcha Dioskur został potępiony za swoje monofizyckie poglądy i wygnany, a na jego miejsce wysłano nowego patriarchę. Koptowie odebrali to jako zamach na ich niezależność i obrali własnego patriarchę. Był to początek dwóch linii metropolitów zwalczających się wzajemnie Melkickiej i Monofizyckiej. Pierwsza była wspierana przez Bizantyjskiego cesarza, druga przez rzesze prostych mnichów koptyjskich.
W 1 połowie VII w cesarz Herakliusz chcąc zjednać rozbity Kościół wprowadził monoteletyzm który nie zdobył zwolenników w Egipcie. Konflikt i prześladowania władzy popierającej melkitów trwały do podboju arabskiego w latach 40-tych VII w. Kalifowie nie ingerowali w życie duchowe poddanych co pozwoliło na rozwój Kościoła monofizyckiego. Powstawały dzieła teologiczne, rozwijała się sztuka koptyjska, rozbudowywała liturgia, powstawały kościoły i klasztory. Kalifowie popierali oczywiście islam w związku z czym wzrastała liczba muzułmanów. Dochodziło coraz częściej do konfliktów na tle wyznaniowym jednak nie były one popierane przez władzę.
Sytuacja zmieniła się w XII w. kiedy wyprawy krzyżowe obróciły władców przeciwko chrześcijanom. Sułtani egipscy coraz częściej wydawali akty prawne godzące w chrześcijan, niszczyli kościoły, niekiedy dochodziło do mordów. Dopiero zajęcie Egiptu w 1517r. przez Turków Otomańskich zapewniło ludności względny spokój.
Kościół koptyjski istnieje do dziś chociaż nie ma takiego znaczenia jak we wczesnym średniowieczu. Ma około
Kościół Etiopski
Zanim w tym kraju pojawili się chrześcijanie mieszkańcy mieli kontakt z światem śródziemnomorskim jednak Kościół w tym kraju rozwijał się w inny sposób. W IV w. patriarcha Aleksandryjski wysłał do Etiopii biskupa Frumencjusza z zadaniem zorganizowania w tym kraju organizacji kościelnej. Według legendy już wcześniej w tym regionie pojawili się chrześcijanie i zainteresowali swoją religią tamtejszą ludność. Początkowo misje powoli odnosiły sukcesy, dopiero po przetłumaczeniu Biblii na miejscowy język Gyyz coraz większe rzesze przyjęły nową wiarę. W V w. wprowadzono regułę św. Pachomiusza dzięki czemu zaczęło się rozwijać życie zakonne.
W założeniach doktrynalnych ten Kościoł jest wiernym odwzorowaniem monofizytyzmu koptyjskiego, jednak wykształcił się on w odmienny sposób. W średniowieczu hierarchowie zdobyli duże znaczenie na dworach lokalnych władców którzy pozwolili chrześcijanom na swobodny rozwój jak również starali się bronić Koptów przed prześladowaniami arabskimi. Etiopia przez wieki żyła w izolacji i dopiero od XVI w. zetknęli się z europejczykami którzy wprowadzili tam misje jezuickie które nie znalazły poparcia i ostatecznie Etiopczycy zamknęli się na obce wpływy.
Obecnie Kościół ten liczy około 10 milionów wiernych głównie w Etiopii. Zwierzchnikiem jest „Abuna” – odpowiednik metropolity który jest formalnie podległy patriarsze Aleksandrii. Najważniejszy po nim jest „Yczegie” – przełożony wszystkich zgromadzeń zakonnych. Do obrzędów używa się nie używanego już języka gyyz. Specyficzne w tym Kościele są tradycje, m. in. obrzezanie, świętowanie szabatu.
Kościół Jakobicki
W Antiochii powstała jedna z pierwszych i najważniejszych gmin chrześcijańskich która z czasem przekształciła się w siedzibę patriarchy. Istniała tam również szkoła katechetyczna lecz nie potrafiła ona zapobiec herezjom rozwijającym się w tym kraju. Kler antiocheński miał skłonności monofizyckie co spowodowało napięcia na soborze chalcedońskim. W połowie VI w. działał w Syrii św. Jakub Baradeusz który był właściwym założycielem tego Kościoła. W tym czasie patriarchat Antiocheński podobnie jak wcześniej Aleksandryjski rozpadł się na dwie linie Melkicką i Jakobicką od imienia tego świętego. Byli oni prześladowani przez melkitów popieranych przez cesarza bizantyjskiego.
Po podboju arabskim w VII w. kalifowie wprowadzili tolerancje religijną co było początkiem ich rozwoju na polu kulturalnym, naukowym i misyjnym. Prześladowania były sporadyczne i bez poparcia władz. Dopiero najazd krzyżowców zmienił ten stosunek, prześladowania stały się częstsze i ostrzejsze. Największe klęski ponieśli Jakobici w XIV i XV w. od najeźdźców tureckich. W XVI w. znaleźli się pod panowaniem Turków otomańskich które przyniosło im pewien spokój.
Dzisiaj liczy ten Kościół około 3 milionów wiernych z czego około pół miliona w Syrii, Iraku i w Turcji. Patriarcha wybierany jest spośród mnichów na synodzie.
Kościół Nestoriański
W V w. w Kościele Syryjskim nastąpił rozłam na monofizycki i diofizycki czyli Nestoriański. Nazwa pochodzi od Nestoriusza którego doktrynę przyjął ten Kościół. Duchowni tego odłamu stronili od wpływów greckich co spowodowało rozwój tej wspólnoty w kierunku wschodnim. Ich głównymi ośrodkami naukowymi były Edessa i Nisibis.
Wypędzeni z cesarstwa osiedlili się w Persji i założyli patriarchat wschodu w Seleucji-Ktezyfont w 498r. Osiągnęli duże znaczenie w państwie. Od tego momentu rozpoczęli niezwykle rozbudowaną pracę misyjną. Zakładali biskupstwa i Azji środkowej, w Chinach, w Indiach, w Arabii, w Syrii. Największy ich rozwój przypada na X w. Od tego momentu ich Kościół zaczął upadać, hierarchia stała się skorumpowana a władcy przestali się przychylnie odnosić do Nestorian. W XIV w. wraz z podbojami Tamerlana ich Kościół upadł całkowicie.
Pozostali jedynie na pograniczu Turecko Perskim, a współcześnie są rozproszeni na całym świecie w liczbie kilkuset tysięcy.
Kościół Ormiański
Pierwsi chrześcijanie głosili słowo boże również na terenie Armenii. Św. Grzegorz Odnowiciel założył Katolikat Armeński i spowodował że władca w 301r. uznał chrześcijaństwo religią państwową. W ten sposób biskupstwa tamtejsze stały się odrębnym organizmem ściśle związanym z narodem ormiańskim. W IV w. przeprowadzono ważne reformy kościelne, stworzono alfabet ormiański na który przełożono Biblię i liturgię.
Do XII w. Kościół rozwijał się bez przeszkód i dopiero najazdy Turków Seldżuckich wprowadziły zamęt w funkcjonowaniu wspólnoty. Dochodziło do niszczenia klasztorów, kościołów i rzezi na chrześcijanach. Doszło do kilku schizm, pewien odłam współpracujący z krzyżowcami oddał się pod opiekę papieża. Panowanie Turków otomańskich nie zmieniło sytuacji na korzystniejszą.
Dziś na świecie jest około 6 milionów wiernych tego Kościoła. Specyficzną rzeczą jest że są podzieleni na 4 patriarchaty z czego najważniejszy jest ten w Eczmiadzyniu.
Kościół św. Tomasza w Indiach
Według legendy Kościół ten założył apostoł Tomasz tworząc na terytorium malabaru (czyli na południowym-wschodzie półwyspu Indyjskiego) kilka biskupstw. Chrześcijanie hinduscy utrzymywali jedynie kontakty z Kościołem w Persji. Informacje o funkcjonowaniu tej wspólnoty przepadły wraz z opanowaniem tej krainy przez Portugalczyków w XVI w. Wprowadzili oni inkwizycje która zniszczyła wszystkie pisma zgromadzone w kościołach jako skażone herezją Nestoriańską.
W połowie XVII w. zbuntowali się przeciwko katolikom i prosili o metropolitę patriarchę Antiocheńskiego który powołał na to stanowisko jednego z mnichów syryjskich. Stało się to reguła stosowaną do tej pory. Do wspólnoty tej należy dziś kilka milionów hindusów.
Kościół Maronitów
Nazwa tego Kościoła pochodzi od św. Marona który działał na terytorium dzisiejszego Libanu w drugiej połowie IV w. Jego uczniowie uznali naukę soboru chalcedońskiego co spowodowało konflikt z patriarchą Antiochii. W VII w. przyjeli monoteletyzm co zaostrzyło ich spór z Jakobitami. Św. Jan Maron był założycielem tego odłamu. Na przełomie VII i VIII w. został patriarchą tego odłamu lecz musiał ukryć się przed prześladowaniami w górach Liban. Stamtąd prowadzili działalność na okoliczne rejony.
Podczas wypraw krzyżowych zostali ponownie odkryci. Oddali się wtedy pod opiekę papieża w 1181r. i pomimo prześladowań muzułmańskich nadal mieszkają w Libanie.
Kościoły Wymarłe
Wspólnoty chrześcijańskie istniały także na terytorium Tunezji i Libii jednak chrześcijaństwo objęło jedynie ludność grecką która po najazdach arabskich opuszczała tereny Afryki i dosyć szybko tamtejsze biskupstwa upadły.
Na terenie Nubii misje koptyjskie odniosły pewne sukcesy tworząc organizacje kościelna. Praca duchownych przeniknęła do tamtejszych mieszkańców dzięki czemu ten Kościół utrzymywał się do późnego średniowiecza. Najazdy arabskie zniszczyły jednak ta wspólnotę.
